Отборът на Лудогорец (Разград) е основан през 2001 година под името "Лудогорие", като е наследник на футболните клубове в Разград от 20-ти век. Година по-късно отборът е преименуван на Разград 2000, тъй като се обединява с едноименния клуб, който тогава развива само детско-юношески футбол. Възходът на клуба започва през 2010 година, когато Разград 2000 е преименуван на Лудогорец 1945. През сезон 2010/11 Лудогорец се състезава в Източна "Б" група и печели промоция за елита.
Още в първия си сезон 2011/12 отборът на Лудогорец печели шампионската титла, след като в тима е направена мащабна селекция. Също така в дебютния си сезон в елита, Лудогорец печели и Купата на България, а преди началото на новата кампания завоюва и Суперкупата на страната, така че постига исторически требъл. След това страхотно начало на ерата на Кирил Домусчиев в Разград, Лудогорец се превръща в доминант в българския футбол и печели титлата 9 поредни години.
Отборът постига и невероятни успехи в европейските клубни турнири. През сезон 2013/14 Лудогорец се класира за груповата фаза на Лига Европа, където достига до 1/8-финалите на турнира. В следващия сезон Лудогорец пише история, след като влезе в групите на Шампионска лига след паметен мач реванш срещу Стяуа Букурещ на плейофите. В груповата фаза Лудогорец записва и първата си победа в същинската част на турнира, като надиграва базел с 1:0 у дома, а тимът показва и страхотни игри срещу Реал Мадрид и Ливърпул. През сезон 2016/17 Лудогорец за втори път влиза в групите на Шампионска лига, а след това има още успехи и в турнира Лига Европа.