Без да има някакви съществени успехи, тимът на Майнц вече 10 поредни сезона е неизменна част от Първа Бундеслига. През този период имаше и известни поводи за радост като основните от тях бяха свързани с втория по сила европейски клубен турнир - през сезон 2005/06 (когато за първи път се класира за него), наричан турнир за купата на УЕФА, а впоследствие преименуван на „Лига Европа“. Цели 4 пъти от вече споменатата кампания 2005/06 до днес, отборът беше част от надпреварата като едва през 2016/17 успя да стигне до груповата фаза където обаче отпадна безславно в компанията на Андерлехт, Кабала и Сент Етиен. По-скоро обаче феновете на футбола да си спомнят този отбор от последните 20 години не с това, че стигна до изброените участия в европейските турнири, а с това, че изгради двама от най-силните наставници на съвременния футбол - Юрген Клоп и Томас Тухел.
Първият застана начело на тима през сезон 2000/01 като още от самото начало на кариерата му си личеше, че е голям любител на атакуващия футбол и точно по този начин изглеждаше и неговият Майнц. Точно Клоп, след 4 сезона начело, вкара тима в елита, където остана 3 сезона, а впоследствие се стигна и до изпадане и там някъде емоционалният наставник реши да напусне. Йорн Андерсен пое временно поста като върна тима в елита, а малко след това на негово място застана Томас Тухел, който беше считан за огледален образ на Клоп. Той прекара 5 сезона в редиците на Майнц 05 и изнесе най-силния сезон в цялата история на отбора, класирайки го 5-и в Първа Бундеслига. След неговото напускане тимът е в криза и продължава най-често да завършва на позиции около 10-та и така не се вижда как в близките няколко сезона ще е в състояние да се завърне в горната половина на класирането.