Отборът на ЦСКА 1948 е основан на 19 юли 2016 година, след като отборът на ЦСКА обявява фалит. ЦСКА 1948 започва от аматьорския футбол и през сезон 2016/17 печели Областна група София (град) – юг, след което играе плейоф за участие в Трета лига и записва успех над ФК Брацигово със 7:6 след изпълнение на дузпи, като по този начин клубът се промотира в Трета лига.
ЦСКА 1948 успява да спечели и шампионата в Трета лига през следващия сезон след 29 победи и 5 ремита, без нито едно поражение, с което печели квота за Втора професионална лига. Още в първия си сезон в професионалния футбол, "червените" се представят добре и завършат на 4-ото място. Година по-късно ЦСКА 1948 печели Втора лига и си завоюва правото да играе в елитната Ефбет лига. Клубът наема за треньор легендата Краси Балъков и има амбиции за силно представяне в дебютния си сезон най-добрите.